สำหรับการทำความสะอาดซอกฟันนั้น เนื่องจากการแปรงฟันไม่สามารถทำความสะอาดบริเวณซอกฟันได้ ผู้ที่จัดฟันควรใช้ไหมขัดฟัน ช่วยทำความสะอาด โดยการสอดไหมผ่านใต้เส้นลวดจากนั้น เลื่อนไหมผ่านซอกฟัน ให้ลงไปใต้ขอบเหงือกเล็กน้อย ขยับไหมไปมาสั้น ๆ 2-3 ครั้ง ทั้งสองด้านของซี่ฟันที่ติดกัน แบบไหมขัดฟันที่เหมาะสำหรับผู้จัดฟันคือ ชนิดพิเศษ (Super floss) ซึ่งจะใช้ได้สะดวกกว่าชนิดอื่น การแปรงซอกฟัน บางกรณี ผู้ที่จัดฟัน ไม่สามารถทำความสะอาดได้ดี ด้วยการแปรงฟันตามปกติ ทันตแพทย์อาจแนะนำให้ใช้แปรงซอกฟันสอดใต้ลวดเพื่อทำความสะอาดฟัน บริเวณใต้เส้นลวด การตรวจดูความสะอาด หลังแปรงฟันและใช้ไหมขัดซอกฟันเสร็จ ควรบ้วนปากด้วยน้ำสะอาด และตรวจดูความสะอาด โดยกระจก ถ้าฟันสะอาดแล้ว จะพบเครื่องมือจัดฟันสะอาดแวววาวด้วย